鲸准基因组学单分子分析与分选仪-Xdrop |
鲸准基因组学单分子分析与分选仪-Xdrop
Xdrop及配套的试剂盒 1. 功能、机制、性能、分类定位 丹麦Sampix公司的Xdrop (&Sorter)多功能双乳化液滴包裹与分选系统是一个经济高效的核酸单分子分析解决方案。Xdrop支持核酸分子封装在高度稳定的双乳化液滴中，充当皮升级的微反应空间环境，可用于核酸分子在位PCR扩增、富集、结构与组成分析等操作。通过将体量形式的核酸样品分析转变为液滴内单个分子样品形式的高分辨率和高灵敏分析，提高核酸分析的速度和准确性，从而变革您分析核酸的传统方式。 在液滴包裹核酸分子的高通量生成方面，Xdrop 结合双乳化DE20试剂盒在短短40分钟内，每个通道生成高达800万个DE20液滴，共有8个通道。液滴可稳定存储达数月之久。 Xdrop?是一种基于微流体液滴包裹封装核酸分子的新型DNA富集技术，能够富集长达(~100 kb) 的感兴趣区域。该技术要求在感兴趣区域(ROI) 内或侧翼区域内设计单个扩增检测序列的引物对。该扩增子专门用于ROI的检测、选择和富集。 手先，将drop待分析DNA样品分割成为数百万个双乳化液滴，从而使单个或数个DNA分子封装包裹在这样的液滴当中。通过对感兴趣区域或其两侧翼内与检测序列特异对应的长度为120-160bp序列进行液滴PCR扩增，实现对含有目标DNA分子的液滴的识别。 Xdrop核酸序列定向富集功能的典型应用方向有但还限于： 序列的结构变化分析；序列的串级重复分析；序列中GC富集区域分析；序 列缺失的回补分析；CRISPER基因编辑验证分析；转基因或病毒DNA的嵌入分析。 Xdrop?系统结合了高分辨率液滴PCR(dPCR)与液滴分选和液滴多重取代扩增(dMDA)两项新技术。 Xdrop的核心创新点就是超稳定双乳化液滴包裹技术，它的快速、灵敏分析you势源于液滴微空间内加速的反应动力学过程。 液滴包裹中使用的表面活性剂是Samplix公司专有的配方，不含有动源成分，能保障哺乳动物细胞的长时间高存活率。 Samplix 是目前wei依能提供完Quan一体化双乳化液滴试剂盒的厂家。 产品用途定位：核酸单分子化处理（单、双乳化液滴包裹）和单核酸分子分析系统，对标类似进口产品有：伯乐的QX200。 2. 应用方向例： 1) 用Xdrop验证CRISP编辑 使用Xdrop?验证CRISPR编辑可检测意外脱靶重排。 采用传统的PCR方法对CRISPR-Cas9编辑进行筛查可能会错过发现较大的缺失和复杂的重排。在这里，展示了Xdrop间接序列捕获技术是如何帮助识别和阐明意外插入序列和未被检测到的插入序列的。 目前的CRISPR-Cas9编辑的检查点集中在预期修改区域的附近处相对较小的非有意编辑。然而，大的删除和复杂的重排可能会发生。传统的PCR筛查策略很容易忽略这些变化，特别是当它们只影响其中一个等位基因时。 Xdrop支持CRISPR编辑验证。它能够确认生物信息学上预测的复杂脱靶编辑和围绕CRISPR切割位点的意外重排(包括缺失改变)。该工作流程只需要非常少量的输入DNA和设计一个标准的引物对。引物结合位可以设计在远离基因编辑位点千碱基的地方，从而避免即使是千碱基长的重排。 使用Xdrop的间接序列捕获法有助于识别和阐明只发生在一个等位基因上一个wu意的插入序列，而这在以往的方法中是检测不到的。 2) 病毒整合检测 用Xdrop?解析复杂的结构变化: 检测人类基因组中HPV18病毒整合位点。 我们评估Xdrop?技术在人类癌症细胞系HeLa上的应用，设计了一个针对人类乳头瘤病毒18(HPV18)基因组整合的富集实验。Xdrop?成功富集和鉴定了HVP18病毒在人类基因组中的整合位点。 3) 区分真假基因 用Xdrop对CRP2D6进行定相：区分真假基因。 CYP2D6编码细胞色素P450，这是一种负责代谢或激活近25%现有药物的酶。它的高多态性导致个体之间酶活性的相当大的变化，这影响了他们对不同药物的反应，包括抗精神病药、β -受体阻滞剂、抗抑郁药、抗高血压药、抗糖尿病药等等。基于短读测序，对这个相当小的基因(4.4 kb)进行基因分型具有挑战性。该基因表现出结构变异，如复制和缺失，以及杂交基因转换。其两侧还有2个基因/伪基因CYP2D7和CYP2D8，序列同源性超过90%。然而，Xdrop?富集后的长读测序解决了这个问题。 4) 寻找转基因插入位点 用Xdrop验证基因组编辑:间接序列捕获法检测小鼠系的一个转基因。 几十年来，接合子转化过程一直被用于构建表达外源基因的转基因动物模型。自1981年，当弟一个转基因小鼠通过将DNA微注射到单细胞胚胎中产生以来，在表达报告系统或涉及疾病的关键基因的小鼠系中已经创造了近6500个转基因等位基因。众所周知，注入的转基因会随机插入受精卵基因组中，而且许多系的确切插入位置和模式都是未知的。传统的鉴定插入位点的方法，如DNA FISH或配对测序，成本昂贵，或者wu法揭示关键的缺失和重排。Xdrop?富集的长DNA片段解决了这些问题，使插入位点检测成为一个简单的过程。 3. 产品规格 Desktop, Width: 25 cm，Height: 25 cm，Length: 48 cm，Weight 17 kg， Voltage requirements: 110 V – 240 V |
