分子间结合动力学和构像变化研究利器
分子间相互作用仪
1、背景介绍
生物分子的活性功能是通过分子之间的相互作用来实现的,研究生物分子间的相互作用,可以从分子水平上了解生命现象,从而阐明生命活动的机理,发现生命的本质。分子间相互作用仪作为研究分子间相互作用的重要研究工具,在生命科学、临床医学、环境检测和药物筛选等研究中发挥了巨大作用。
近年来,计算机辅助药物设计(CADD)方法在药物研发中不断崭露头角,如已批准上市的卡托普利、沙奎那韦、利托那韦和茚地那韦等,其早期研究大大受益于CADD方法。CADD已成为药物研发流程中不可或缺的一部分。基于结构的CADD计算方法通过解决两个主要任务来支持苗头化合物的发现和结构you化:1、预测小分子与蛋白质靶标结合;2、计算结合亲和力。分子间相互作用仪作为研究分子间相互作用的重要研究工具显得越来越重要。
2、功能、性能与用途
该分子间相互作用仪是Dyn开发的高性能分子间动力学和构像变化测试仪器。其测试原理如下:
switchSENSE传感器,其主要功能元件是DNA纳米杆,可通过电驱动以高频振荡。高频动态电开关模式探测分析物分子的流体动力摩擦,并用于确定生物分子的大小和形状。当分析物与传感器点上振动的DNA纳米杆结合时,纳米杆的运动因分析物施加的额外摩擦而减慢,从而显示其尺寸或形状变化。
荧光接近感测模式通过染料局部环境的变化实时检测分子的结合。
并且,如果使用两种不同荧光团,可以同时在同一传感器点上监测来自两个相互作用的两个du立信号。它还支持荧光共振能量转移(FRET)实验,用于需要亚纳米分辨率的分子内距离变化分辨率的结合和构象分析。
该系统通过直接比较两个相邻传感器点上两个分子的流体动力摩擦(切换速度),实时测量构象变化。
构象变化表示为%摩擦变化,它适用于几乎任何环境中的任何蛋白质或核酸状态。因此,分子构象可以在发现过程的早期进行研究,而wu需事先了解样品。
HeliX Chip
--自动传感器切换
在一个机架中加载zui多5个芯片,并在5个通道和10个传感器点之间自动切换。
--RFID近场通信
在仪器和芯片之间wu缝跟踪芯片状态和使用历史。
非常适合于质量受控的GxP环境和一致、wu错误的结果。
下载heliX应用程序,读取移动设备上任何heliX?芯片的状态和使用历史。
--稳健的微流体
简单的单通道设计,由耐用玻璃制成,可承受zui高流速和腐蚀性化学品,一次性使用。
--2个检测点x 2种颜色
用于2个相互作用力的实时参考测量,或同时监测多达4个相互作用力。
带DNA锚的heliX芯片
heliX芯片表面用共价连接的单链DNA锚定序列进行修饰,该序列已进行you化以结合具有zui终特异性和稳定性的接头。
配体(捕获)链,可更换:您感兴趣分子(配体)通过DNA纳米杠杆固定在表面,通过直接共价偶联或标签捕获方法。蛋白质或小分子与配体链的偶联容易使用易于使用的偶联试剂盒进行。
接头链,可更换:接头链为您提供了zui大的实验灵活性:在大多数结合和构象应用中使用标准接头链,或选择长DNA折纸纳米结构以确定zui大分子复合物的大小。染料也是可变换的。
应用示例:电驱动DNA纳米杆运动的测量。
下图左:低交流电压将纳米杆从传感器中排斥(吸引)。荧光亮度指示纳米级取向,因为当染料接近金传感器时,能量转移逐渐猝灭荧光发射。
下图右:时间分辨纳米杠杆开关动力学。与纳米杆结合的分析物分子改变了染料的摩擦和/或局部化学环境,其被检测为切换速度和/或荧光强度的变化。
HeliX应用范围:
▲switchSENSE?提供的高信息含量降低了药物开发后期昂贵阶段候选药物的消耗率。
▲核酸结合分子动力学研究
DNA/RNA结合动力学
关联和解离率。
实时目标特异性控制。
小分子诱导的适体折叠。
DNA/RNA结合分子:
--DNA损伤修复
--转录因子
--翻译起始
--剪接因子
酶活性
将结合与催化活性分开。
修饰核苷酸的掺入率。
小分子的剂量反应。
DNA/RNA修饰酶:
--聚合酶
--逆转录酶
--解旋酶
--核酸酶
--连接酶等
▲多特异性抗体分析
▲蛋白质直径的分析以及构象变化
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陈宇 / 力学测试产品经理
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