JC-1在通过流式细胞术检测线粒体膜电位中广泛使用。它能够选择性的进入线粒体中，并且由于膜电位的增加（大约超过80-100 mV）其颜色会发生从绿色到橙色的可逆变化。这种特性是由于JC-1聚合物的可逆结构，在膜极化条件下，它的发射光由530nm(J-单体发射光)转移到590nm (JC-1聚合体发射光)。当在490nm处激发时，JC-1发生从绿色到橙绿色的可逆改变，因为线粒体膜极化的更大。这两种颜色都可以被流式细胞仪上装好的一般滤光器检测到，因此绿色发射光可以通过荧光通道1（FL1）进行分析，橙绿色发射光可以通过荧光通道2（FL2）进行分析。JC-1主要的优点是，它既可以进行定性检测，通过其发射荧光的颜色从绿色到橙色的改变；也可以进行定量检测，通过对两个检测通道FL1和FL2单一色彩的荧光强度进行检测；它也可以用于荧光成像分析。We have developed a protocol to use it in fluorescence microplate platform.。虽然JC-1广泛地用于许多实验中，但是其水溶性差，也导致它很难在一些实验中使用。我们的JC-10的水溶性比JC-1要高，并且在许多细胞系中有着超好的性能表现；有趣地是，JC-10的性能表现对细胞系极具依赖性。