各种花菁3(Cy3)染料及其衍生物，常被应用于生物分子标记，荧光成像及其他荧光生物分析。它们广泛用于标记多肽、蛋白质和核酸等。Cy3染料与蛋白质结合荧光增强。 Cy3 NHS 脂是与氨基集团反应的活性反应物。