有许多方法标记寡聚核苷酸，使其带有荧光。依据其光谱需求，标记的选择多元化。5`-荧光基团-CE-亚***酰胺，来源于6-羧基荧光素、6-HEX、6-TET和6-JOE单一异构体都可以被用于标记5`位。标记寡聚核酸末端3`位可以得到3`-荧光标记的CPGs.使用任何这类产品的荧光素标记的寡核苷酸都可以在氢氧化铵标准裂解条件下去保护。虽然 6-FAM, 6-HEX和 6-TET 亚***酰胺被有效的用于标记寡核苷酸，但没有 6-JOE亚***酰胺用于标记寡核苷酸。 AAT 生物科技公司 提供 Helix Fluor JOE 亚***酰胺易于标记寡核苷酸的JOE。 Helix Fluor JOE 亚***酰胺可以方便的用于标记寡核苷酸。它们衍生于6-JOE, SE，具有完全相同的光谱特性和生物学特性。