肝素亲和介质主要用来分离纯化抗凝血酶III或人凝血因子，也可用于分离纯化某些生长因子（如重组人酸性成纤维细胞生长因子、重组人血管内皮生长因子、重组鼠肝素辅因子II以及重组人角质细胞生长因子等）以及部分酶或蛋白（如核酸结合酶、眼镜蛇毒蛋白酶、眼镜蛇毒纤维蛋白原溶解因子以及盐源山蛭抗凝血蛋白、岩栖蝮蛇类凝血酶乳铁蛋白等）。