CR6G的共轭物在氩离子激光光谱中的514nm处具有最大吸收峰，因此CR6G常作为荧光标记工具。此外，罗丹明（一种红色荧光染料）6G偶联物激发和发射光最高峰在荧光素和四甲基罗丹明之间，为多颜色荧光成像分析提供了多种色彩选择。5(6)-CR6G, SE（5-(6)-羧基罗丹明6G琥珀酰亚胺酯）是由5(6)-CR6G衍生出来的对光十分敏感荧光的试剂。