R-藻红蛋白（R-PE）是从红藻中分离出来的。它的主要光吸收峰在565nm，第二吸收峰在496和545nm处。它的第二类高峰中相对突起的吸收峰，在来自不同种类的R-PEs中有显著性的变化。R-PE由三个亚基组成，α，20,000 道尔顿_ (~20,000 daltons),β，20,000 道尔顿_ (~20,000 daltons) andγ，30,000 道尔顿_ (~30,000 daltons).研究发现完整的R-PE分子量大约在240,000道尔顿，经过检测一个亚基由（α-β）6γ组成。R-PE的γ亚基紧含有藻红素(PEB)生色团，而α 和β亚基含有PEB和藻尿胆素(PUB)两种发色团。来自不同种属的R-PEs吸收光谱的变化性反应了亚基中PEB/PUB的比例不同。R-PE和与B-PE紧密相关的藻红蛋白产生主要的荧光，其荧光量超过了总体荧光的90%，并且在任何浓度适宜的溶液中，其橙色荧光肉眼可见。（_ and _其中的空白为链接问题，我查找资料发现是它是由α、β、γ构成）