TAMRA的光吸收特征，与几种常用的荧光基团（包含FAM,HEX,TET和JOE）的光谱相重叠；使其成为双标记FRET探针（例如分子标记）中非常有用的FRET受体。TMARA已经用于实时定量PCR和其它分子诊断实验中。寡聚核苷酸可以用TAMRA两种不同的标记方式来进行标记。在脱保护条件下，TAMRA不是很稳定，在氢氧化铵中降解。如果需要脱保护条件，合成的寡聚核苷酸的3’或者5’末端带有氨基基团，用TAMRA琥珀酰亚胺酯进行后标记。用UltraMILD 单体合成的寡聚多核苷酸也可以直接用TAMRA标记，内部被任何适当的dT残基取代，或者3’末端用3’TAMRA CPG作支撑。随后，在甲醇中碳酸钾能除去寡核苷酸的碱基保护基团，得到完整的TAMRA。作为一种选择 1:1:2=三乙胺 /甲醇/水溶液可以用于常规单体的去保护基。