链特异性转录组建库

VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®

 

● 保留了mRNA的链方向性，更加准确的获得基因的结构以及基因表达信息

● 对于复杂植物模板具有很高的成功率

● 建库流程与Illumina TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit相同

● 优化的大片段建库方案

● 测序数据与Illumina试剂具有高度的一致性

 

图1. 1 μg universal human reference RNA分别用VAHTSTM mRNA-seq v2 Library Prep Kit for Illumina®、 VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®、 llumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库，用Hiseq 2500测序。可以看到，链特异性文库有超过99%的Reads比对到正义链上。

图2. 1 μg (A) 或100 ng (B) universal human reference RNA分别用VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®以及Illumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库，用Hiseq 2500测序，分析数据均一性分布。可以看出，本产品构建的文库数据分布均匀，没有5’或3’偏好性，并且和Illumina试剂盒高度一致。

图3. 1 μg 或100 ng universal human reference RNA分别用VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®以及llumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库，用Hiseq 2500测序，两两比较表达重复相关性， 以spearman相关系数r表示。可以看出，1 μg (A)、 100 ng (B)模板量下Vazyme VAHTSTM和Illumina TruSeq之间以及用Vazyme VAHTSTM建库1 μg和100 ng (C)之间的相关系数r均大于0.97，说明具有很高的表达重复相关性。

 

      VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®适用于起始模板为0.1-1 μg总RNA的链特异性转录组文库构建。与常规转录组文库构建不同的是，在第二链cDNA合成时，掺入dUTP标记第二链； PCR前将标记的第二链模板用UDG酶消化，使得最终的测序信息都来自于第一链cDNA，从而保留了mRNA的链方向性。测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA链。本产品的模板适应性广泛，对于植物样本具有很高的成功率。 本产品不仅提供与Illumina TruSeq Stranded mRNA Sample Preparation Kit相同的建库流程 (插入片段150-200 bp)， 还针对插入片段大于200 bp的文库提供优化的打断及分选条件。用本产品构建的文库在数据产出及数据质量上均与Illumina官方试剂盒保持高度的一致性。