快速，高通量——HiSeq 2000使用两个流动槽和一种新颖的双表面成像方法，能够在单次运行中产生200 Gb的数据，每天能产生25 Gb，使测序通量及实验灵活性提升到新的水平。

操作简便，省时——HiSeq 2000具有最简化和直观的操作流程，预先配置的即插即用试剂，足够200个循环使用，启动运行仅需10分钟的手工操作时间。触摸屏界面，以及实时的远程运行***，让仪器操作更简单。文库制备时96个样品的平行处理显著降低了手工操作时间和整体的费用。

费用低廉，灵活应用——对人类基因组进行测序，覆盖度约可达到30倍，且与GAⅡ系列分析系统相比，每个基因组的测序费用下降一半以上。HiSeq 2000能在单个或两个流动槽模式下操作，独立操控的流动槽让需要不同读长的应用能同时运行，赋予了无可比拟的实验灵活性和仪器可扩展性。

HiSeq 2000测序系统目前可应用在多个领域，包括：DNA测序、基因调控分析、测序法转录组分析、SNP发现与结构变异分析、细胞遗传学分析、DNA-蛋白质相互作用分析（ChIP-Seq）、测序法甲基化分析以及小RNA的发现及分析。