DNA甲基化芯片(Medip-chip) 英文名称: Medip--chip Array | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
型号:: Arraystar/Roche-NimbleGen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
价格:请致电:010-57128832,18610462672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
品牌: 美国/瑞典 产品商标: arraystar/roche-nimblegen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA甲基化芯片(Medip-chip)/技术服务 DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一。随着对甲基化研究的不断深入,各种各样甲基化检测方法应运而生。其中,MeDIP-chip(MeDIP: Methylated DNA Immunoprecipitation)是目前高通量分析基因组DNA甲基化变化的一种准确可靠的实验技术,运用该技术,可以检测全基因组范围内的甲基化位点;研究启动子甲基化对基因的调控;比较不同组织、细胞、肿瘤等的甲基化图谱以及寻找诊断和预后的分子标志物。
Arraystar 4x180K 启动子芯片 Arraystar 启动子芯片是专门为研究启动子区域的甲基化,羟甲基化,组蛋白修饰以及转录因子结合而设计的产品,覆盖所有RefSeq数据库基因的启动子区(Arraystar RefSeq Promoter Array)或是所有非编码RNA的启动子区(Arraystar ncRNA Promoter Array),能够满足不同客户的需求。180 K的芯片,启动子的覆盖范围近2kb,并覆盖了几乎所有启动子区附近的CpG岛,是一款高品质高性价比的羟甲基化芯片产品。 Arraystar RefSeq 启动子芯片产品列表
Arraystar ncRNA 启动子芯片产品列表
Arraystar 癌症相关甲基化芯片
最新研究表明:癌症中存在着一些低甲基化的区间(block),这些区间的长度在5kb到10M之间,长度中位值为28kb。1/3的基因转录起点都位于这些block中。此外,这些低甲基化的block与包括LADs*和LOCKs*在内的异染色质区域存在着很大重叠,表明癌症中的甲基化变化与染色质结构改变之间存在着很大的关联性。此外,低甲基化block中包含了绝大部分在肿瘤中表达变异较大的基因。而且,这些区域不仅整体甲基化水平下降,而且相对于正常样品,它们在不同肿瘤样品中甲基化水平变化更加剧烈。这表明:基因在癌症中的平均表达水平和平均甲基化程度固然很重要,它们在不同样品中的均一性也不容忽视,甚至是更加重要。 *:LADs:与核纤层蛋白结合的DNA区域。 LOCKs(large organized chromatin lysine modifications):富含异翻译后修饰(例如:组蛋白H3K9二甲基化修饰)的异染色质区域。 ![]() 图1. 26个位于低甲基化block区域内的高变异基因的标准表达值(log转化后)。这些基因在肿瘤样品(红色点)中展现出剧烈的表达变异,而在正常样品(蓝色点)中表达变异很小。 Arraystar 4 x 180K DMR芯片 Arraystar 4 x 180K DMR芯片是专门为研究癌症相关的差异甲基化区域而设计的产品,覆盖12113个与癌症、组织及细胞分化相关的small DMRs, 以及11380个与这些small DMRs相邻的CpG岛及CpG岛岸。通过这款芯片不但可以检测癌症相关的甲基化变化,还可以了解引起这种甲基化变化的CpG岛边界漂移模式,从而更加全面直观的解析癌症甲基化组。
癌症中,除了低甲基化的长区间(block),还存在着许多长度小于5kb的差异甲基化区域(DMRs),被称为small DMRs。大部分癌症或组织特异性的差异甲基化区域(small DMRs)都位于CpG岛边缘2kb以内;相对于CpG岛,这一CpG密度较低区域称之为CpG岛岸(CpG shore)。癌症中,CpG岛边界发生漂移,从而导致CpG岛岸的甲基化水平发生变化:当CpG岛边界向CpG岛内部移动时,CpG岛岸发生超甲基化;当CpG岛边界向外移动时,CpG岛岸发生低甲基化。CpG岛边界的变化导致了基因表达的改变(图1)。 ![]() 图1. DMR区域丧失甲基化稳定性的模式。图中横轴代表基因组特定区域,纵轴代表相应位点的甲基化程度,蓝色的线代表正常样品,红线代表癌症样品,DMRs区域用粉红色的背景标记。癌症相关的甲基化变化可以分为四类主要的模式:(a)甲基化边界外移;(b)甲基化边界内移;(c)甲基化边界消失;(d)通过去甲基化形成的新的DMR区域。 Roche-NimbleGen CpG promoter芯片 单芯片设计覆盖所有UCSC注释的CpG岛和所有RefSeq数据库基因的启动子区,720K的人甲基化芯片,基因启动子的覆盖范围达3-4kb,覆盖几乎所有的CpG岛,在500bp长度的区域内可以达到2个CpG位点的灵敏度,是一款覆盖区域非常全面的芯片产品。 至今,已有很多国内外生物学家利用NimbleGen CpG启动子芯片的研究成果发表于国际顶级期刊。
康成生物甲基化芯片服务技术优势 ※ 一站式服务:客户只需要提供保存完好的组织或细胞标本,康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作(图1)和数据分析流程,并提供完整的实验报告。 ※ MeDIP富集效果特异性佳:MeDIP是获得准确测序数据的关键。康成MeDIP平台经过不断地优化,抗体富集效率高和特异性好。 ※ 严格的质控体系:康成生物在MeDIP-chip每个关键步骤都加入了质控实验。这些QC数据能够评估每个步骤的实验质量。如果达不到标准,我们会重复实验步骤或者优化实验体系,使得每个样品都能够达到质控标准(图1,2)。 *图释:康成生物MeDIP-ChIP实验流程和质控体系。 ![]() *图释:MeDIP-qPCR 质控。MeDIP特异地富集甲基化的DNA区域(H19启动子区),而非甲基化区域(GAPDH启动子区)几乎无富集。 ※ 丰富的生物信息学分析:除了严谨,可靠的实验体系,康成生物还有强大的生物信息学团队,为客户提供paper级的图表和深入的数据分析服务 康成生物DNA甲基化芯片技术服务主要实验流程 1. 超声打断基因组: 将基因组DNA超声打断成400bp-500bp DNA片段 2. 甲基化DNA免疫共沉淀: a) 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份 b) 其中一份单链DNA样品加入抗5’-甲基化胞嘧***核苷抗体 c) 用免疫磁珠法分离b步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物,样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉 d) 纯化免疫共沉淀的DNA片段(MeDIP) 3. MeDIP与 Input DNA片段线性扩增: 使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段(MeDIP 与 Input)进行扩增。该步骤使检测的灵 敏度得到大幅度提升,用微量的检测样品就能得到精确的检测结果 4. 荧光标记: 对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记 5. 芯片杂交: 标记后的MeDIP与Input样品混合、变性,与甲基化微阵列检测芯片杂交 6. 图像采集和数据分析: 用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号;用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告 7. 提供实验报告 包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表: ● Scanning Image:Cy3、Cy5荧光扫描图像 ● Raw Data:包括每个探针的荧光信号强度原始数据 ● Probe Report:经过校正得到每个探针的log2(MeDIP/input)值以及p-value值 ● log2 (MeDIP/input)值代表每个探针在MeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率;P-Value越低,表示该探针越有可能代表一个甲基化事件,P-Value由修正的KS检验算法计算 ● Peaks Report:Peaks代表可能的DNA甲基化区域,由专业商用软件计算,报告包括可能的 Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息 ● Summary Report: 提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考 8. Differential Enrichment Peaks(Advanced Analysis): Differential Enrichment Peaks(DEP)利用重复组中多样本log2ratio的平均值分析组间差异甲基化区域,从而使得用重复样本实验数据进行甲基化结果的比较及差异甲基化区域的鉴定成为可能,这对于后续实验及分析是非常重要的 康成基本数据分析结果展示 不同类型启动子的甲基化具有不同的调控功能: 2. 差异甲基化(DEP)分析 两组样品进行比较,筛选差异富集峰(DEP)即差异甲基化区域的。我们使用每组log2-ratio的均值,并为每个探针计算M' value。然后将结果导入NimbleScan进行peak finding,找到的peaks便是差异甲基化区域(DEP)。我们分别提供了不同类型的启动子区域(HCP,ICP,LCP)的差异甲基化分析结果。下面以HCP为例,展示了差异甲基化表格。 适用范围:两个或两组样品间的比较 DEPInHCP表格:每个比较中找到对应有HCP的DEP。 ![]() Control vs Expriment比较中在chr1上1235129~1235386区域的差异甲基化峰(DEP)。该DEP对应的是ACAP3基因的启动子,这个启动子属于HCP类型。 SummaryInHCP 表格:所有比较中对应到特定HCP的DEP。用计数的方式表示某个HCP在特定比较中的DEP数目。 ![]() 以下表第一行为例:显示的是Expriment vs Control比较中有一个DEP在基因AADAT的启动子上,这个基因的启动子属于HCP类型启动子。 3. 差异甲基化基因的GO分析 为了方便客户了解启动子差异甲基化基因的功能,康成生物提供了差异甲基化基因的GO分析。 适用范围:两组或多组数据比较获得的差异甲基化的基因 4. 差异甲基化基因的Pathway分析 为了方便客户了解启动子差异甲基化基因参与的生物学过程,康成生物提供了差异甲基化基因的Pathway分析。 适用范围:两组或多组数据比较获得的差异甲基化的基因 5. 可视化
康成高级数据分析结果展示 *图释:上图展示了甲基化芯片结果D40 vs D20甲基化程度增加且表达谱芯片结果D40 vs D20 表达下调2.0倍的基因 ● 通过联合分析的结果做HeatMap分析 ![]() 康成客户实例——DNA甲基化芯片(MeDIP-chip) 单核细胞白血病DNA甲基化模式的改变,引起癌症相关信号通路的变化(Exome sequencing identifies somatic mutations of DNA methyltransferase gene DNMT3A in acute monocytic leukemia. Nat Genet,2011) IF:36.377 上海瑞金医院的陈赛娟院士课题组率先发现急性单核细胞白血病人中DNMT3A是高频的突变基因。功能实验结果表明DNMT3A突变之后催化活性下降。DNMT3A为重要的DNA甲基转移酶,因此使用MeDIP-chip技术检测DNMT3A 突变(n=6)和野生型(n=5)两类AML-M5患者的全基因组甲基化图谱,筛选甲基化水平发生变化的具体基因。生物信息学分析发现,甲基化水平变化的基因集中在癌症相关通路中。从分子水平上说明了DNMT3A突变在白血病发病中的作用机制。 技术路线 结果展示 *图释: MeDIP-chip 数据结果展示。A: 样品中发生甲基化的区段及注释信息(Peak: 甲基化的区域)。B,C:甲基化水平发生变化的区域集中在Wnt,TGF-β等癌症相关的信号通路中。(Yan, Xu et al. 2011)
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