一个完整的siRNA干扰实验必须使用阴、阳性对照以及转染试剂等来确定设计的siRNA序列对于基因的特异性沉默。

阴性对照siRNA，是不会引起任何基因的沉默。实验中使用阴性对照能够帮助我们确认基因表达水平的降低是否是序列特异性的RNAi的结果。由于siRNA的合成方法、工艺以及转染试剂等因素可能导致广泛的基因沉默现象。如果没有阴性对照，研究人员很可能错误地将广泛的、非特异性基因沉默当作由RNAi引起的基因特异性沉默。

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l         和哺乳动物基因序列无同源性的通用阴性对照。

l         和哺乳动物基因序列无同源性的末端荧光标记 (5 - FAM) 的通用阴性对照，方便我们使用流式细胞仪、荧光显微镜、激光共聚焦显微镜等观察siRNA的转染情况，从而优化转染条件，提高转染效率。

l         与靶点siRNA序列有相同碱基组成，但排序不同且和mRNA无同源性的阴性对照；根据客户要求进行合成。