Small RNA是指长度小于200bp，不具蛋白编码能力的一类RNA分子。small RNAs不仅在细胞中具有较高的表达量，也广泛存在于各类体液中。根据长度、结构形态、功能形式以及合成途径的不同，科研人员将small RNAs分成了七种类型：microRNA (miRNA)、PIWI-interacting RNA (piRNA)、small interfering RNA (siRNA）、small nucleolar RNA (snoRNA）、small nuclear RNA (snRNA)、transfer RNA (tRNA）、tRNA-derived fragment (tRF&tiRNA)（图1）。这些small RNA分子在转录水平或转录后水平，参与调控基因表达[1-3]。
small RNA的合成途径极其复杂，具体过程有待进一步的挖掘。在许多疾病中，科研人员都检测到了不同small RNA的合成紊乱。例如，DROSHA与DICER1是miRNA合成过程中非常关键的两个蛋白，其表达水平会随着肿瘤的发生发展而变化，并可作为神经母细胞瘤预后诊断的潜在标记物[4]。近些年来，small RNA吸引了越来越多的关注，small RNA合成途径的研究也受到了更多的重视。
对于特定通路或聚焦领域中的基因而言，PCR芯片是其表达研究最可靠便捷的手段。为了帮助研究人员方便快捷地分析small RNA合成相关蛋白的表达水平，Arraystar开发了市场上第一款small RNA合成蛋白检测PCR芯片。该芯片能够同时分析182个在各类small RNAs合成过程中发挥关键作用的蛋白分子的表达水平，是small RNAs研究的一件利器。
图 1. Small RNAs的分类与功能
产品信息：
芯片 规格 描述 NuRNA™ Human Small RNAs Biogenesis-Related Protein PCR Array 384-well(2*192)/ plate miRNAs（78个）+piRNAs（17个）+siRNAs（25个）+snoRNAs（22个）+snRNAs（40个）+tRNAs/tRFs（28个）
芯片特点：
• 覆盖度广—收集了GO通路中所有与small RNA合成相关的蛋白分子
• 严谨性强—所有引物都通过了多样本严格验证
• 快速简易—即用型384孔板规格，只需将cDNA与qPCR Master Mix混合试剂加入PCR板中，4小时内得到实验结果。cDNA无需预先扩增。
聚焦small RNAs合成相关蛋白：
Arraystar一直关注科学研究动态，设计开发市场需求的产品。Arraystar NuRNA™ small RNA合成相关蛋白PCR芯片不仅聚焦tRNA、snoRNA等经典的分子，同时也包含miRNA、tRF&tiRNA等热门分子。此款产品能够帮助研究人员快速分析GO通路中mall RNAs合成相关蛋白的表达（表 1）。为了保证数据质量，芯片包含了一系列参照，用于***DNA污染，反转录与qPCR的效率，亦或用于后续的数据标准化分析。
表 1. 人类small RNAs合成相关蛋白（182个蛋白）
| miRNA biogenesis (78): ADAR; AGO1; AGO2; AGO3; AGO4; AJUBA; BCDIN3D; CNOT1; CNOT10; CNOT11; CNOT2; CNOT3; CNOT4; CNOT6; CNOT6L; CNOT7; CNOT8; DGCR8; DICER1; DIS3L2; DND1; DROSHA; EGFR; EIF4G1; EIF6; ELAVL1; ESR1; ETS1; FMR1; FOSL1; FXR1; HNRNPA2B1; HRAS; KHSRP; LIMD1; LIN28A; LIN28B; MAP2K1; MAP2K2; METTL14; METTL3; MOV10; MRPL44; MYCN; NCOR1; NCOR2; NFKB1; PNPT1; POU5F1; PPP3CA; PRKRA; PTBP1; PTBP2; PUM1; PUM2; RAN; RBM4; RELA; RPL7A; RQCD1; SMAD1; SMAD2; SMAD3; SNIP1; SRRT; STAT3; SUPV3L1; TARBP2; TGFB1; TNRC6A; TNRC6B; TNRC6C; TRIM71; WTIP; XPO5; ZC3H12A; ZCCHC11; ZFP36 |
| piRNA biogenesis (17): ASZ1; DDX4; EXD1; FKBP6; HENMT1; MAEL; MOV10L1; PIWIL1; PIWIL2; PIWIL4; PLD6; TDRD1; TDRD12; TDRD6; TDRD7; TDRD9; TDRKH |
| siRNA biogenesis (25): ADAR; AGO1; AGO2; AGO3; AGO4; CELF1; CLP1; DICER1; DROSHA; FMR1; MBD2; MBD3; MECP2; MRPL44; NRDE2; PRKRA; TARBP2; TERT; TLR7; TLR9; TSEN15; TSEN2; TSEN34; TSEN54; XPO5 |
| snoRNA biogenesis (22): DKC1; EXOSC2; EXOSC3; EXOSC4; EXOSC5; EXOSC6; FBL; FBLL1; GAR1; NOP10; NOP56; NOP58; NUDT16; PIH1D1; PRPF31; RNF113A; RNF113B; RPAP3; RUVBL1; RUVBL2; SNU13; ZNHIT6 |
| snRNA biogenesis (40): CPSF3L; DKC1; EXOSC2; EXOSC3; EXOSC4; EXOSC5; EXOSC6; EXOSC7; EXOSC8; EXOSC9; INTS1; INTS10; INTS12; INTS2; INTS3; INTS4; INTS5; INTS6; INTS7; INTS8; INTS9; KPNB1; MEPCE; NCBP1; NCBP2; NHP2; NOP10; PHAX; RPAP2; SMN1; SNAPC1; SNAPC2; SNAPC3; SNAPC4; SNAPC5; SNUPN; TUT1; USB1; XPO1; ZPR1 |
| tRNA & tRF biogenesis (28): Ago1; Ago2; Ago3; Ago4; ANG; DGCR8; Dicer1; ELAC1; ELAC2; Piwil4; Ybx1; ELAC1; ELAC2; HSD17B10; KIAA0391; POP1; POP4; POP5; POP7; PTCD1; RPP14; RPP21; RPP25; RPP30; RPP38; RPP40; TRMT10C; TRNT1 |
实验流程：
适用实时荧光定量PCR仪：
ABI ViiA™ 7, ABI 7500 & ABI 7500 FAST, ABI 7900HT, ABI QuantStudio™ 6 Flex Real-Time PCR system, ABI QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR system, ABI QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System, Bio-Rad CFX384, Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems, Eppendorf Realplex, QIAGEN Rotor Gene Q 100, Roche Light Cycler 480, Stratagene Mx3000, Roche Light Cycler 480
参考文献
[1] Kim VN. Small RNAs: classification, biogenesis, and function. Mol cells 19, 1-15. (2005),
[2] Esteller M. Non-coding RNAs in human disease. Nat Rev Genet 12, 861-74. (2011), PMID:22094949.
[3] Matera AG, et al. Non-coding RNAs: lessons from the small nuclear and small nucleolar RNAs. Nat Rev Mol Cell Biol 8, 209-20. (2007), PMID:17318225.
[4] Lin RJ, et al. microRNA signature and expression of Dicer and Drosha can predict prognosis and delineate risk groups in neuroblastoma. Cancer Res 70, 7841-50. (2010), PMID:20805302.
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